¿De dónde obtiene Xkb su configuración?

¿Hay alguna forma de consultar dónde xkb está obteniendo su configuración?
Bajo ArchLinux tengo /etc/X11/xorg.conf.d/00-keyboard.conf con:

Section "InputClass"
    Identifier "system-keyboard"
    MatchIsKeyboard "on"
    Option "XkbLayout" "us,us"
    Option "XkbVariant" "altgr-intl,colemak"
    Option "XKbOptions" "ctrl:nocaps,grp:alt_shift_toggle"
EndSection           

pero cuando inicio, si hago setxkbmap -query , solo obtengo

rules:      evdev
model:      evdev
layout:     us,us
variant:    altgr-intl,

Por lo tanto, no se reconocen ni las variantes alternativas ni las opciones (no hace falta decir que no puedo cambiar el diseño). Sin embargo, si corro

setxkbmap -layout "us,us" -variant "altgr-intl,colemak" -option "ctrl:nocaps,grp:alt_shift_toggle"

Obtengo el correcto

rules:      evdev
model:      evdev
layout:     us,us
variant:    altgr-intl,colemak
options:    ctrl:nocaps,grp:alt_shift_toggle

Entonces, ¿existe la posibilidad de que algo esté sobrescribiendo mi configuración?
Estoy ejecutando GNOME/Cinnamon

Respuesta aceptada:

Sí, Gnome anula el xkb X configuración.
Puede configurar xkb diseño/opciones en Gnome usando las herramientas CLI gsettings /dconf o a través de la herramienta GUI dconf-editor .
Entonces, usando gsettings , abre una terminal y ejecuta:

gsettings set org.gnome.desktop.input-sources sources "[('xkb', 'us'), ('xkb', 'us+altgr-intl'), ('xkb', 'us+colemak')]"

y

gsettings set org.gnome.desktop.input-sources xkb-options "['ctrl:nocaps','grp:alt_shift_toggle']"  

O inicie dconf-editor y edite así (tenga en cuenta que cada valor debe estar entrecomillado y que los valores múltiples están delimitados por comma+space ):

y

Ambos métodos deberían producir los mismos resultados.