Sería bueno que me mostraran el botón mágico que me ayudará a eliminar esta monstruosidad:
 
Es Nautilus 2.30 en Debian (y ha estado allí en versiones anteriores hasta donde puedo recordar).
Respuesta aceptada:
Esta lista se crea analizando archivos .desktop ubicados en:
/usr/share/applications
~/.local/share/applications
 
 Puede haber más de un caso de uso por aplicación, por ejemplo, el reproductor multimedia banshee que tiene tres archivos .desktop por defecto:
$ ls -1 /usr/share/applications/banshee*
/usr/share/applications/banshee-1-audiocd.desktop
/usr/share/applications/banshee-1.desktop
/usr/share/applications/banshee-1-media-player.desktop
 La única diferencia entre esos archivos es el parámetro inicial y la lista MimeType.
banshee-1.desktop:Archivos multimedia generalesbanshee-1-audiocd.desktop:CD de audiobanshee-1-media-player.desktopReproductor de audio (también utilizado porrhythmbox,vlcy otros)
Así que tenemos tres 'Banshee Media Player' en la lista 'Abrir con' (y quizás también en el 'Menú principal').
 La otra forma de llenar este espacio es creando archivos personales .desktop en ~/.local/share/applications . Ya sea manualmente o mediante el uso de una herramienta. alacarte (o haga clic con el botón derecho en 'Menú principal' -> 'Menú de edición') es uno de ellos.
 Cada vez que creas o mueves una aplicación dentro de alacarte , se coloca un nuevo archivo .desktop dentro de ~/.local/share/applications . Deshabilitar una aplicación la "eliminará" del 'Menú principal', pero no de la lista 'Abrir con'.
 Pero el botón 'Eliminar' sí lo hace, al crear una copia idéntica de /usr/share/applications en ~/.local/share/applications y agregando Hidden=true al archivo .desktop, "sobrescribiendo" los valores heredados de todo el sistema.
 Eliminando dos de esas entradas de alacarte da como resultado:
$ ls -1 ~/.local/share/applications/banshee*
/home/user/.local/share/applications/banshee-1-audiocd.desktop
/home/user/.local/share/applications/banshee-1-media-player.desktop
 
 Eliminando cualquier entrada de ~/.local/share/applications revertirá al estado preexistente (tres banshee elementos).
 Si realmente no tiene ningún duplicado en esas dos carpetas, intente eliminar cualquier duplicado de alacarte o jugando con el Hidden=true opción en los archivos .desktop correspondientes.