fdupes:encuentra archivos duplicados en un conjunto determinado de directorios
fdupes new/ old/
-d para borrar
-N por no preguntar
fdupes -N -d new/ old/
¡Por supuesto! Echa un vistazo a FSlint:
FSlint es una utilidad para encontrar y limpiar varias formas de pelusa en un sistema de archivos. cruft no deseado o problemático en sus archivos o nombres de archivos. Por ejemplo, una forma de pelusa que encuentra son los archivos duplicados. Tiene modos GUI y de línea de comandos.
FSlint es un software gratuito y de código abierto.