El complemento linediff para Vim funciona bien para mí. Seleccione visualmente una sección de su archivo y escriba :Linediff . Seleccione visualmente la otra sección y escriba :Linediff . Pondrá vim en modo vimdiff, mostrando solo las dos secciones que resaltó anteriormente. Escribe :LinediffReset para salir del modo vimdiff.
Más información:
https://unix.stackexchange.com/a/52759/32477
https://superusuario.com/a/414958/199800
Yo uso Más allá de la comparación.
Le permite seleccionar una línea en cada lado y decir 'Alinear manualmente'. Esto debería funcionar bien para ti.
KDiff3 es de código abierto y está disponible en varias plataformas, incluidas Win32 y Linux.
Tiene la función de "alineación manual" discutida por Gishu sobre Beyond Compare (que, por cierto, no he estado usando personalmente, pero muchas personas que conozco la consideran una gran herramienta).
Consulte esta respuesta para obtener más ejemplos.