¿Ayuda este hilo? Más precisamente esta parte:
A partir de esto, me parece que ha obligado a WinSCP a utilizar la transferencia en modo texto, lo que implica la conversión unix->dos. Solo fuerce el modo binario para evitar la conversión.
No pude averiguar por qué tenía el problema de los espacios en blanco, pero pude descubrir cómo ignorar los espacios en blanco.
Puedes usar:
svn diff -x'-uw --ignore-eol-style'
Esto funcionó bastante bien.