Como no sé qué versión de automake puedes usar DESTDIR Variable ambiental.
Consulte Makefile para estar seguro.
Por ejemplo:
export DESTDIR="$HOME/Software/LocalInstall" && make -j4 install
Depende del paquete. Si el Makefile es generado por GNU autotools (./configure ) por lo general, puede establecer la ubicación de destino de la siguiente manera:
./configure --prefix=/somewhere/else/than/usr/local
Si el Makefile no es generado por autotools, sino que se distribuye junto con el software, simplemente ábralo en un editor y cámbielo. El directorio de destino de la instalación probablemente esté definido en una variable en alguna parte.