Hay algunas opciones diferentes que conozco, dependiendo de la plataforma en la que lo esté ejecutando. Podrías usar lo siguiente:
- Linux:Dbeaver
- Windows:HeidiSQL
- Mac:Sequel Pro
Uso phpmyadmin y lo encuentro adecuado para la mayoría de los propósitos, sin embargo, uso Greasemonkey para mejorar varios aspectos. Aquí hay varios scripts de este tipo, por supuesto, puede escribir uno por su cuenta.
Otra alternativa es HeidiSQL. Esta es una aplicación solo para Windows ® pero funciona bastante bien con Wine.
Luego está MySQL Workbench que se ha mencionado en otras publicaciones. No encuentro sus capacidades de consulta tan fluidas como phpmyadmin, pero generar ERD con él y sincronizar con la base de datos es bastante hábil.
MySQL Workbench es una gran herramienta multiplataforma. Es posible que la interfaz de usuario no se vea tan elegante como la de Sequel Pro, pero las funciones que ofrece son lo suficientemente buenas.