Si no me equivoco, el cambio de tamaño automático de las ventanas solo ocurre cuando los elementos son demasiado grandes para dibujarlos. Además, el método set_default_size solo importa cuando se dibuja la ventana por primera vez y, a menos que me equivoque, nunca se vuelve a usar. Sugeriría usar el método de cambio de tamaño para establecer el tamaño de la ventana. (enlace)
window.resize(box.width_request, box.height_request);
Una cosa que debe recordar al usar el cambio de tamaño si no puede cambiar el tamaño más pequeño que el tamaño de la solicitud si se encuentra con ese problema, use el método set_request_size.