Cuando usa inotify, no necesita sondear todos los archivos para verificar si hay cambios. Obtiene un sistema de devolución de llamada que le notifica cuando un archivo o directorio observado ha cambiado.
El kernel/sistema de archivos ya tiene esta información, por lo que el uso de recursos/CPU no solo se traslada a otra aplicación, sino que en realidad se reduce.
Supervisar la actividad del sistema de archivos con inotify brinda más detalles sobre por qué usar inotify, muestra su uso básico y lo ayuda a configurarlo.
http://linux.die.net/man/7/inotify ¡Esto debería ayudarte a deshacerte del problema al que te enfrentas!