Se me ocurren dos opciones razonables. El primero es crear un archivo MAKE que compilará todo por ti. Había una vez una utilidad llamada Make It So que hacía esto automáticamente. Su página especifica la compatibilidad con Visual Studio 2010, también podría funcionar con Visual Studio 2012.
También puedes usar cmake. Es un poco más complicado hacerlo bien, pero el resultado final será la capacidad de compilar su código más o menos en cualquier lugar.
¿Usar xbuild? Entonces, si instala Mono, entonces tiene xbuild, que es la versión OSS de msbuild. Simplemente puede crear su archivo .sln con algo como "xbuild solution.sln"