¿Cómo salir de la terminal de Linux usando el script de Python?

SIGHUP (colgar) le indicará a la terminal que salga. El terminal debe ser el proceso principal de su secuencia de comandos, por lo que

import os
import signal
os.kill(os.getppid(), signal.SIGHUP)

En lugar de ejecutar el comando desde el shell con solo el nombre del comando, ejecútelo con exec lo que hará que el shell se reemplace con el programa. Luego, cuando el programa salga, la ventana del terminal también se cerrará.

Es decir. en lugar de

$ python ./my_script.py

ejecutar:

$ exec python ./my_script.py