Normalmente es el python-dev faltan libretas. ¿Estás seguro de que la configuración usa python 3 en lugar de python 2? Porque si ese es el caso deberías instalar python-dev en lugar de python3-dev .
El mismo problema si construyes Watchman bajo rasbian/raspberry. Instale "python-dev".
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git clone https://github.com/facebook/watchman.git
cd watchman
./autogen.sh
./configure
make
sudo make install
yo también lo hice
sudo apt-get install python3-dev
todavía me estaba dando el error, entonces ejecuté este comando
sudo apt-get install python-dev
después de eso.
make
sudo make install