Con las versiones recientes del SDK de .NET Core, como 1.0.0 RC4, NuGet se envía con .NET Core. Puede acceder directamente a NuGet especificándolo como un comando con dotnet :
dotnet nuget
Si la versión de .NET Core SDK no es compatible, puede descargar una compilación nocturna de NuGet v4. Hay un paquete NuGet NuGet.CommandLine.Xplat que admite la ejecución en .NET Core. Sin embargo, necesita todas sus dependencias en la misma carpeta y el paquete NuGet no las especifica. Descargar solo el paquete NuGet NuGet.CommandLine.Xplat no funcionará directamente. Mostrará un error sobre ensamblados NuGet faltantes.
Tu opción final, que dijiste que no querías hacer, es instalar Mono.
La última CLI de dotnet core incluye los siguientes comandos:
dotnet restore
dotnet add package [package name]
dotnet remove package [package name]
dotnet pack
dotnet nuget push
dotnet nuget delete
dotnet nuget locals