docker, openmpi y final inesperado de la línea /proc/mounts

Es probable que esto se deba a tu /proc/mount archivo que tiene una línea de más de 512 caracteres, lo que provoca que el módulo hwloc de OpenMPI no pueda analizarlo correctamente. Docker tiene una tendencia a poner líneas muy largas en /proc/mounts . Puedes ver el error en openmpi-1.10.7/opal/mca/hwloc/hwloc191/hwloc/src/topology-linux.c:1677 :

static void
hwloc_find_linux_cpuset_mntpnt(char **cgroup_mntpnt, char **cpuset_mntpnt, int fsroot_fd)
{
#define PROC_MOUNT_LINE_LEN 512
  char line[PROC_MOUNT_LINE_LEN];
  FILE *fd;

  *cgroup_mntpnt = NULL;
  *cpuset_mntpnt = NULL;

  /* ideally we should use setmntent, getmntent, hasmntopt and endmntent,
   * but they do not support fsroot_fd.
   */

  fd = hwloc_fopen("/proc/mounts", "r", fsroot_fd);
  if (!fd)
    return;

Esto se puede solucionar aumentando el valor de PROC_MOUNT_LINE_LEN , aunque eso debería considerarse una solución temporal.

Este problema debería solucionarse en hwloc desde 1.11.3 (lanzado hace 2 años). Puede actualizar a OpenMPI 3.0, que contiene hwloc 1.11.7>=1.11.3. O vuelva a compilar OpenMPI para usar un hwloc externo en lugar del antiguo incrustado.