gscan2pdf puede hacer esto. Es una excelente pieza de software. Puede limpiar escaneos sin papel y activar OCR.
Xsane también es compatible con esto, en la interfaz principal de Xsane, seleccione Multipágina (o Ctrl+M) en lugar de Visor, que es el valor predeterminado. Abre un nuevo cuadro de diálogo titulado "proyecto de varias páginas xsane". Especifique la ubicación donde desea guardar las imágenes, haga clic en "Crear proyecto". Regrese a la interfaz principal de Xsane y escanee como lo haría normalmente, al final de cada escaneo agrega algo como image-000x al cuadro de diálogo "proyecto". Cuando haya terminado con sus documentos, simplemente haga clic en "Guardar archivo de varias páginas".
gscan2pdf también es un buen software, sin embargo, prefiero escanear los lotes en Xsane (aparece más claro) e importar las imágenes con gscan2pdf, lo que ayuda a crear archivos PDF más pequeños.