Para eliminar un archivo en un directorio, debe tener permiso de escritura en ese directorio. Obviamente, los usuarios están creando directorios sin que usted tenga permiso de escritura, en cuyo caso la respuesta a su pregunta es no, no puede hacer nada sin hablar con el usuario en cuestión o con el administrador del sistema.
Sin embargo, si yo fuera el administrador del sistema, estaría preocupado por lo que estás haciendo. No es normal que los usuarios creen archivos en los directorios de otros usuarios. ¿Hay una mejor manera de hacer lo que estás haciendo? Por ejemplo, cargar a una aplicación web adecuada le daría un mejor control y también significaría que no tiene que preocuparse por esto.