Deshabilitar módulos específicos es posible desde el gestor de arranque, pero parece que depende de la distribución.
Por un lado, la documentación de los parámetros del kernel de Linux establece, a partir de agosto de 2016:
module_blacklist= [KNL] No cargue una lista de módulos separados por comas. Útil para depurar módulos problemáticos.
Por otro lado, la opción que funcionó para mí con openSUSE 42.1 (Linux 4.1.31) se describe en la wiki de módulos de Arch Kernel:
También puede incluir módulos en la lista negra desde el gestor de arranque. Simplemente agregue
modprobe.blacklist=modname1,modname2,modname3
a la línea del núcleo de su cargador de arranque, como se describe en los parámetros del núcleo. Cuando incluya en la lista negra más de un módulo, tenga en cuenta que solo están separados por comas. Presumiblemente, los espacios o cualquier otra cosa podría romper la sintaxis.
(Gracias a @gertvdijk en unix.SE por señalar esto).
También vale la pena mencionar el siguiente método:
Para evitar que el kernel cargue ciertos módulos usando la línea de comando grub, debe pasarlos como un parámetro a la línea del kernel usando la siguiente sintaxis.
$module_name.blacklist=yes
No tengo idea de dónde lo sacaron, pero definitivamente no estaría de más probar cualquier otro método si todo lo demás falla.
Debería poder agregarlo a /etc/modprobe.d/blacklist, o a la lista negra 'modulename'