El shell expande la línea de comando que contiene el alias comando y pasa algo como td=touch 2010-09-17_21-54.txt al alias dominio. Debe proteger los caracteres especiales en la definición de alias de la expansión. La forma más fácil es usar comillas simples en lugar de comillas dobles:
alias td='touch `date "+%Y-%m-%d_%H-%M"`.txt'
Entonces td es un alias para touch `date "+%Y-%m-%d_%H-%M"`.txt como se desee.
Aunque no es un problema aquí, recomiendo usar $(…) en lugar de `…` , para evitar dificultades con comandos complejos (las comillas inversas tienen reglas de comillas arcanas y no portátiles, mientras que el paréntesis de dólar funciona intuitivamente):
alias td='touch $(date "+%Y-%m-%d_%H-%M").txt'