Consulte ¿Puedo ejecutar fsck o e2fsck cuando el sistema de archivos de Linux está montado?, que señala que ejecutar cualquier fsck en un sistema de archivos montado puede provocar daños en el disco o en los datos.
Sugiere las siguientes soluciones:
A. Desactive el sistema al modo de usuario único, desmonte el sistema y luego ejecute e2fsck
init 1
umount /dev/sda
e2fsck -y /dev/sda3
B. Arranque desde el CD de instalación en modo de rescate
boot: linux rescue nomount<br/>
mknod /dev/sda
mknod /dev/sda3
fsck /dev/sda3
Otra solución sería usar fsck para verificar todo el disco (excepto el intercambio) en el momento del arranque, como root:
shutdown -Fr now
donde -F significa forzar verificación de fsck y -r para reiniciar.
Si sus scripts de inicio lo admiten (Fedora IIRC), puede agregar -c -c a /fsckoptions (luego crea /forcefsck y reiniciar). Desafortunadamente, esta función no está disponible en todas partes. Probablemente tengas que reiniciar a un LiveCD/LiveUSB en su lugar.
Puede iniciar el sistema y especificar init=/bin/bash como parámetro de arranque. Esto ejecutará bash en el arranque y no los scripts de inicio normales. Como resultado, no se procesa ningún sistema de archivos y le queda una raíz de solo lectura.
Ahora tiene una raíz de solo lectura y puede ejecutarla.