Con qpdf:
$ qpdf --decrypt restricted-input.pdf unrestricted-output.pdf
Probablemente puedas usar pdftk. Algo como
pdftk in.pdf output out.pdf allow AllFeatures
debería hacer el trabajo.
Si tienes ghostscript instalado intente simplemente:
gs -sPDFPassword=$PASS -q -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pdfwrite -sOutputFile=%stdout% -c .setpdfwrite -f locked.pdf > unlocked.pdf