Elimine la carpeta principal y las carpetas ~/.PhpStorm*. Eso debería ser suficiente.
sudo rm -R ~/.PhpStorm*
Por lo general, no puede desinstalar los archivos instalados sin su administrador de paquetes simplemente eliminando el directorio que extrajo, aunque esto a menudo es cierto para los archivos basados en Java.
No conozco phpstorm específicamente, pero puedo darte algunas instrucciones genéricas.
Lo primero que le recomiendo que haga es verificar si phpstorm incluye algún tipo de script de desinstalación. Sin embargo, supongo que ya lo hiciste.
En su defecto, debe abrir una terminal y escribir whereis phpstorm - esto debería decirle dónde se encuentran la mayoría de los archivos asociados con él. A continuación, puede intentar eliminarlos manualmente. /etc y /usr/share también son algunos lugares probables para buscar.
También puede buscar entre los archivos ocultos en su carpeta de inicio uno llamado .phpstorm o similar. Esto probablemente contendría la mayor parte de la configuración y no creo que aparezca con el comando "whereis".
Eso es todo lo que puedo pensar en mi cabeza si los atajos y similares ya se han ido, pero podría hacer el trabajo. Esta es una forma desordenada y fea de hacer las cosas y bien puede dejar algo atrás:intente instalar con su administrador de paquetes siempre que sea posible.
En Ubuntu, después de volver a netbeans, también encontré rastros de phpstorm escondidos en ~/.java/.userPrefs/prefs.xml