Es posible eliminar líneas duplicadas que ya están en .bash_history ejecutando
nl ~/.bash_history | sort -k 2 -k 1,1nr| uniq -f 1 | sort -n | cut -f 2 > unduped_history
seguido de
cp unduped_history ~/.bash_history
También recomendaría poner lo siguiente en su ~/.bashrc:
export HISTCONTROL=ignoreboth:erasedups