Para desinstalar f.lux, debe hacer esto:
sudo apt-get remove fluxgui
Para desinstalar:
sudo rm -rf /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/{fluxgui/,f.lux_indicator*}
sudo rm /usr/local/share/icons/hicolor/scalable/apps/fluxgui.*
sudo rm /usr/local/share/applications/fluxgui.desktop
sudo rm /usr/local/bin/{xflux,fluxgui}
rm -rf ~/.gconf/apps/fluxgui/
sudo se usa para convertirse en root, se le pedirá su contraseña la primera vez.
Tipo
sudo apt-get remove
y el nombre de la aplicación parcial y presione Tab . Completará automáticamente el nombre de la aplicación que desea eliminar.