-F archivo de configuración
Especifica un archivo de configuración por usuario alternativo. Si se proporciona un archivo de configuración en la línea de comando, el archivo de configuración de todo el sistema (/etc/ssh/ssh_config ) será ignorado. El valor predeterminado para el archivo de configuración por usuario es ~/.ssh/config .
Fuente:https://linux.die.net/man/1/ssh
A partir de OpenSSH 7.3p1, puede incluir otros archivos de configuración en ssh_config.
Entonces, podría agregar a /etc/ssh/ssh_config:
Include ~/custom_ssh.conf
Sin embargo, no crea que esto impedirá que se cargue el ~/.ssh/config predeterminado.