Restaurar ~/.bashrc sin usar comandos bash

cp no es un comando bash, es un programa externo. Por eso falla; los comandos bash reales no se verían afectados por los cambios de biblioteca o ruta. Así que quieres lo contrario, es decir, usar solo comandos bash.

Puede eliminar el contenido del archivo por completo, usando:

true > ~/.bashrc

O sobreescribir con algún otro contenido:

echo "" > ~/.bashrc

O puede intentar deshacer temporalmente los cambios incorrectos dentro del shell en vivo:

unset LD_LIBRARY_PATH LD_PRELOAD LD_AUDIT
export PATH=/bin:/usr/bin
cp /etc/skel/.bashrc ~

O puede copiar el contenido del archivo, línea por línea, usando solo las funciones integradas de shell:

while IFS="" read -r line; do
    echo "$line";
done < /etc/skel/.bashrc > ~/.bashrc