Diría que la mayor diferencia es que ArchPwn no está tan activamente desarrollado. (EDITAR:ver BlackArch, ¡este proyecto renació!). Suceden muchas cosas en un año en el ámbito de la seguridad. De hecho, el año pasado se lanzó una herramienta para descifrar WPA-PSK llamada Pyrit y se puede encontrar en BackTrack.
Ahora, el contraargumento es que tanto Archlinux como Ubuntu tienen administradores de paquetes, y aunque es un CD en vivo, realmente puede instalar cualquier cosa o tener una memoria USB con su propia cadena de herramientas. Realmente depende de lo que estés buscando. De hecho, ningún Live CD va a tener todo. Invariablemente, necesitará una memoria USB.