Sí, eso es seguro. No hay nada intrínsecamente inseguro en tener un directorio oculto en /etc. La única razón por la que rkhunter lo marca es que es poco común que los programas legítimos lo hagan, y cuando el malware lo hace, es menos probable que lo notes.
Es seguro en el sentido de que no, no hará que el sistema sea inestable, ni lo hará vulnerable desde el punto de vista de la seguridad.
Dicho esto, como señala MechMK1, la única razón para usar directorios ocultos es para que no llene los directorios de usuarios con cosas que no les importan. El /etc directorio, por otro lado es significado para contener tal pelusa, así que no veo por qué querrías ocultarlo.
Por esta razón, no es un esperado action y rkhunter lo marca como algo sospechoso que solo podría hacer el malware. Pero tú también puedes hacerlo, si así lo deseas.