Sí, esta discrepancia es normal. Lo he visto tantas veces que dejé de mirar el /etc/passwd y /etc/group archivos y, en su lugar, comencé a ver las membresías de grupos de la forma en que deberían verse:getent group <groupname> y groups <username> .
Sí, hay una diferencia entre los grupos primario y complementario. El grupo principal es el principal que se muestra en /etc/passwd , en el que se encuentra un usuario al iniciar sesión. Para que un usuario esté en un grupo complementario, su nombre de usuario se agrega a la entrada del grupo en /etc/group . Si usas id -a <user> , mostrará los grupos primarios y complementarios. Los grupos complementarios dan acceso a los recursos, pero los archivos nuevos se crean con el grupo principal.
Puede cambiar el grupo primario actualmente activo de un usuario usando el newgrp comando.
No es necesario que un usuario tenga el grupo principal como grupo secundario. Todo lo que hará es reducir la cantidad de grupos secundarios de los que un usuario puede formar parte. Tradicionalmente, un usuario estaba limitado a 32 grupos secundarios, pero eso puede haber cambiado en los últimos años.
usermod puede establecer grupos primarios y complementarios de usuarios en un solo comando. El uso de una herramienta de administración de configuración como la marioneta también puede hacerlo sin tener que preocuparse por qué comando específico es necesario en diferentes tipos de Unixes.