Depende del sistema de archivos y de la comprobación real. P.ej. por lo general, no es una buena idea interrumpir un reiserfsck --rebuild-tree pero no puede pasar nada cuando se interrumpe un fsck de solo lectura de un sistema de archivos ext3.
La verificación del sistema de archivos en el arranque generalmente es de solo lectura hasta que encuentra un problema, luego le avisará antes de realizar cualquier cambio, por lo que probablemente sea seguro que lo intercambie.
Pero Esto es muy posible (y no es raro que los servidores que necesitan volver a funcionar después de un corte de energía) se configure para que se repare automáticamente, así que a menos que esté seguro seguro que su sistema no está configurado de esta manera, déjelo funcionar hasta el final por seguridad.
La mayoría de los programas fsck están escritos de tal manera que cualquier cambio que se realice sea lo más atómico posible y se limpiarán (completando o revirtiendo cualquier cambio actual) antes de responder a una señal TERM o INT (SIGINT es lo que se envía al proceso activo cuando ctrl +c está presionado), por lo que incluso un fsck que está escribiendo activamente debería ser seguro para interrumpir, pero no recomendaría correr el riesgo, ¡más vale prevenir que curar!