Hay proyectos como libpst que permiten el acceso a archivos PST desde Linux, pero dudo que algo aparte de las propias herramientas de Microsoft le proporcione una salida PST "limpia".
Sin embargo, no veo por qué no pudo conectarse al servidor IMAP usando Outlook desde su máquina y simplemente copie los mensajes a una o más tiendas PST montadas en Outlook; esto producirá resultados predeciblemente válidos. Si le preocupa la cantidad de operaciones manuales necesarias para esa tarea, podría considerar usar Outlook VBA para crear secuencias de comandos de recursión de carpetas y copiar mensajes mediante el método CopyTo.