Verifique el directorio de extensión actual con:
php-config --extension-dir
y puede cambiarlo configurando extension_dir en php.ini :
extension_dir="/usr/lib64/php/modules"
No olvide reiniciar Apache.
Sugeriría hacer /usr/lib64/php/modules un enlace simbólico a la carpeta con la ID. Esto evita mezclar extensiones de diferentes versiones de PHP a largo plazo.
Además de eso:debería poder configurarlo configurando EXTENSION_DIR como variable de entorno antes de ejecutar la configuración de PHP. algo como
$ EXTENSION_DIR=/my/location ./configure --with-some-extension