Puede usar ext4 pero recomendaría montar con journal_data modo que apagará dealloc (asignación retrasada) que causó algunos problemas anteriores. La desactivación de dealloc hará que las escrituras de datos nuevos sean más lentas, pero hará que las escrituras en caso de falla de energía tengan menos probabilidades de perderse. También debo mencionar que puede deshabilitar dealloc sin usar journal_data que tiene algunos otros beneficios (o al menos lo hizo en ext3), como lecturas ligeramente mejoradas y creo que una mejor recuperación.
Las extensiones seguirán ayudando con la fragmentación. Las extensiones hacen que la eliminación de archivos grandes sea mucho más rápida que ext3, una eliminación de datos de cualquier tamaño (archivo único) debe ser casi instantánea en ext4 pero puede llevar mucho tiempo en ext3. (cualquier FS basado en extensión tiene esta ventaja)
ext4 también fsck es más rápido que ext3.
Una última nota, ¿hubo correcciones de errores en ext4 hasta 2.6.31? Básicamente, me aseguraría de que no esté ejecutando un kernel anterior a 2.6.32, que es un kernel LTS.
XFS es sólido como una roca y ha estado en el núcleo durante mucho tiempo. Examine herramientas como xfs_freeze y vea si es lo que está buscando. Sé que esto es muy subjetivo, pero he usado XFS para el almacenamiento de datos durante años sin incidentes.
Simplemente use una herramienta de respaldo que admita sumas de verificación. Por ejemplo, Dar lo hace y admite copias de seguridad incrementales. Luego puede hacer una copia de seguridad en un sistema de archivos sólido como ext3.
Para las copias de seguridad, desea algo sólido como una roca/muy estable. Y btrfs o ZFS simplemente no están listos hoy.