Desafortunadamente, cualquier cosa definida en el shell iniciada por las secciones %prep, %build o %install no se conserva en el entorno de compilación. Debería definir %{AXIS2_C}, una MACRO variable (no una variable de shell):
%define AXIS2_C /usr/local/something
y luego refiérase a él en ambos shells como
make whatever FOO=%{AXIS2_C} # or however you used the env variable
y luego en la sección %files, use
%file
%{AXIS2_C}/bin/services/services.xml
Por lo general, el %define inicial se encuentra en la parte superior del archivo de especificaciones, con cierta documentación sobre para qué sirve. Si necesita configurar dinámicamente la macro, tendrá que usar comandos de macro de especificaciones RPM más complejos como %() para hacer expansiones de shell.