Creo que encuentro la respuesta. En mi sistema, "xdg-mime query filetype..." usa el comando "file" para obtener el tipo de archivo, mientras que en ubuntu usa "gnomevfs".
Parece que el comando "archivo" no verifica las entradas xml de shared-mime-info, sino que busca en el archivo "/usuario/compartir/archivo/magia" para obtener el tipo de archivo MIME.
Si uso el comando "archivo" en Ubuntu, tampoco puede decirme el tipo MIME correcto.
Estudiaré cómo editar este archivo mágico.