NVpy es "una aplicación multiplataforma para tomar notas con sincronización de notas simples inspirada en Notational Velocity".
En cuanto a las capturas de pantalla, NVpy parece una coincidencia más cercana que TomBoy.
Aquí hay una pequeña reseña de NVpy en Lifehacker.
Aunque a este tipo no le gustó y modificó un poco gvim en su lugar.
Buscando más, encontré NVVim que "es un clon de la aplicación Notational Velocity in vim para Mac. Está diseñado para tomar y recuperar notas de texto sin formato rápidamente".
TomBoy es una aplicación para tomar notas para Linux, que es probablemente lo más parecido a Notational Velocity actualmente disponible.