Hay una serie de factores que pueden hacer que el reloj de un software funcione lento o rápido. Los relojes en los servidores virtuales son especialmente propensos a toda una clase de estos problemas. ¡12 segundos al día es bastante malo hasta que te encuentras con cajas virtuales con relojes que funcionan al 180-200% de velocidad! Los relojes de las computadoras portátiles que se suspenden también pueden sufrir problemas de cronometraje.
Debería considerar eliminar ntupdate a favor de ntpd . El nombre del paquete es ntp en Debian (y presumiblemente Ubuntu también). El demonio NTP mantiene su tiempo sincronizado de manera mucho más proactiva que un trabajo cron, sincronizando con uno o más servidores NTP y manteniendo su reloj mucho más preciso. Es otra implementación del mismo protocolo ntpdate usos, excepto ntpd monitorea el tiempo continuamente.
Si no desea la sobrecarga (muy pequeña) de ntpd , podría considerar ejecutar ntpdate una vez por hora. Suponiendo que tiene 0,5 s de descuento cada hora, eso debería ser suficiente.