Está Exherbo, que usa múltiples repositorios Git para almacenar sus exheres (su término para compilar recetas similares a los ebuilds de Gentoo o los puertos de BSD). Sin embargo, todavía es una distribución bastante joven.
Actualización: Gentoo se mudó recientemente a Git para su repositorio de paquetes. Sin embargo, no creo que esté configurado todavía para que los usuarios normales obtengan actualizaciones a través de Git (aunque creo que está previsto que lo permita).
Funtoo, una bifurcación de Gentoo, utiliza un árbol de Portage basado en Git. Los ebuilds de Gentoo se importan periódicamente, por lo que aún obtiene todas las ventajas de su maravillosa colección de ebuilds.