/run/user/$uid es creado por pam_systemd y se utiliza para almacenar archivos utilizados por procesos en ejecución para ese usuario. Estas pueden ser cosas como su daemon de llavero, pulseaudio, etc.
Antes de systemd, estas aplicaciones solían almacenar sus archivos en /tmp . No pudieron usar una ubicación en /home/$user ya que los directorios de inicio a menudo se montan en sistemas de archivos de red, y estos archivos no deben compartirse entre hosts. /tmp fue la única ubicación especificada por el FHS que es local y todos los usuarios pueden escribir.
Sin embargo, almacenar todos estos archivos en /tmp es problemático como /tmp todos pueden escribir y, aunque puede cambiar la propiedad y el modo de los archivos que se crean, es más difícil trabajar con ellos.
Así que apareció systemd y creó /run/user/$uid . Este directorio es local para el sistema y solo puede acceder al usuario de destino. Por lo tanto, las aplicaciones que buscan almacenar sus archivos localmente ya no tienen que preocuparse por el control de acceso.
También mantiene las cosas agradables y organizadas. Cuando un usuario cierra la sesión y no quedan sesiones activas, pam_systemd borrará el /run/user/$uid directorio fuera. Con varios archivos repartidos por /tmp , no podrías hacer esto.
Según el último borrador de FHS (File Hierarchy Standard), /run:
Este directorio contiene datos de información del sistema que describen el sistema desde que se inició. Los archivos de este directorio se deben borrar (eliminar o truncar según corresponda) al comienzo del proceso de arranque.
Los propósitos de este directorio alguna vez fueron atendidos por /var/run. En general, los programas pueden continuar usando /var/run para cumplir con los requisitos establecidos para /run a efectos de compatibilidad con versiones anteriores. Los programas que han migrado para usar /run deben dejar de usar /var/run, excepto como se indica en la sección sobre /var/run.
Los programas pueden tener un subdirectorio de /run; esto se recomienda para programas que usan más de un archivo de tiempo de ejecución. Los usuarios también pueden tener un subdirectorio de /run, aunque se debe tener cuidado de limitar adecuadamente los derechos de acceso para evitar el uso no autorizado de /run y otros subdirectorios.
En el caso del /run/user directorio, es utilizado por los diferentes servicios de usuario, como dconf, pulse, systemd, etc. que necesitan un lugar para sus archivos de bloqueo y sockets. Hay tantos directorios como UID de diferentes usuarios están registrados en el sistema.