En la versión 2.9, debe cambiar estas opciones a algo como:
# Active window title color
setw -g window-status-current-style fg=black,bg=white
Hay un argumento con una explicación decente aquí:https://github.com/tmux/tmux/issues/1689
Y las preguntas frecuentes:https://github.com/tmux/tmux/wiki/FAQ#how-do-i-translate--fg--bg-and--attr-options-into--style-options
No ha configurado el color de fondo activo de la ventana, solo ha configurado el borde del panel activo, intente:
set-window-option -g window-status-current-bg red