Solución 1:
Esos mensajes no son motivo de preocupación. Los enlaces simbólicos de los que se están quejando solo son necesarios si está usando lilo como su cargador de arranque, porque usa esos enlaces simbólicos para encontrar su núcleo "actual". Grub, al ser más flexible, tiene su propia forma de hacer las cosas y no necesita los enlaces simbólicos.
Solución 2:
No debería necesitar volver a ejecutar grub. Lo haría, pero después de un cambio de kernel, es posible que deba ejecutar /usr/sbin/update-grub .
Esos mensajes probablemente no indican un problema. La verdadera prueba sería simplemente reiniciar la computadora. Si arranca bien, entonces no pasó nada malo.
Es posible que desee actualizar su /etc/kernel-img.conf y deshabilite los do_symlinks y no debería volver a ver este mensaje.