Solución 1:
Uso rsync para respaldar mis fotos que almaceno y proceso en una computadora portátil con Linux (Ubuntu 10.4). Hago una copia de seguridad de ellos en un NAS muy básico con un disco duro de 1 TB formateado como FAT32. La carcasa y el firmware del NAS son muy básicos, por lo que no permite volver a formatear la unidad.
El comando que uso es:
$ rsync --progress --modify-window=1 --update --recursive --times \
/home/mloskot/Pictures /mnt/nas/Pictures
Para permitir una comparación de tiempo correcta, se usa la opción --modify-window=1, porque FAT32 registra las marcas de tiempo de los archivos con una resolución de 2 segundos, que es diferente a los sistemas de archivos que se usan en Linux. --update para evitar la copia innecesaria de archivos existentes - se comporta como una copia de seguridad incremental.
Para hacer una comparación basada en el tamaño, puede especificar la opción --size-only.
Solución 2:
Recomendaría reformatear a un linux fs si es posible. Como se mencionó, FAT tiene límites de tamaño de archivo relativamente bajos y es posible que no maneje los permisos y la propiedad del todo bien. Más importante aún, FAT no rastrea los tiempos de modificación en los archivos con tanta precisión como, digamos, ext3 (FAT solo es preciso dentro de una ventana de 2 segundos). Esto conduce a un comportamiento particularmente desagradable con rsync, ya que a veces decide que los archivos originales son más nuevos o más antiguos que el archivo de copia de seguridad y necesita volver a copiar los datos o al menos volver a verificar los hash. Con todo, genera un rendimiento muy bajo en las copias de seguridad. Si debe quédese con FAT, busque las marcas --size-only y --modify-window de rsync como soluciones alternativas.
Solución 3:
¿Es este rsync en Linux hacia/desde un disco FAT (¿qué versión de FAT?) o estás usando la versión de Windows cwRsync?
De cualquier manera, FAT16 y 32 funcionan con ambas versiones (no he probado FAT12 yo mismo). Si está en un sistema Linux, esperaría que el rendimiento de un sistema de archivos FAT fuera un poco peor que usar un sistema de archivos con formato Linux, ya que en general son un poco más lentos (feliz de que alguien me indique esto si estoy incorrecto).