Solución 1:
Ejecutar:
alias cp
Para ver si cp ha sido alias a cp -i
En ese caso ejecuta:
\cp -r /usr/share/drupal-update/* /usr/share/drupal
para ignorar el alias
Solución 2:
cp -f no pedirá confirmación (eso es forzado) Así que
cp -fr /usr/share/drupal-update/* /usr/share/drupal