Solución 1:
Lo siguiente ejecutará el script el 1 de enero, abril, julio y octubre a las 03:30
30 03 01 Jan,Apr,Jul,Oct * /path/to/script
Alternativamente, pero menos obvio
30 03 01 */3 * /path/to/script
Se ejecutará cada tres meses a las 03:30 el 1 de enero, abril, julio y octubre.
Solución 2:
Wikipedia tiene una buena explicación sobre cómo configurar Cron.
Para su caso específico, puede ejecutar una Expresión Cron para que se ejecute cada 3 meses; obviamente, cambie los meses para que se adapten a su horario.
0 0 1 JAN,APR,JUL,OCT * /path/to/script.bash
Solución 3:
La respuesta aceptada es buena, yo usaría una alternativa con números más simples y más fáciles de leer:https://crontab.guru
0 0 1 */3 *
Lee así:"A las 00:00 del día del mes 1 cada 3.er mes".