Solución 1:
Es posible que tenga dificultades para cambiar entre la mentalidad de Windows y Linux. Es posible que desee utilizar motores de gestión de configuración, como bcfg2 y puppet.
Además, le recomiendo que se tome el tiempo de leer www.infrastructures.org, una brillante descripción de las técnicas de administración de Linux a gran escala. Estoy seguro de que algunas ideas podrían aplicarse a su situación.
Solución 2:
No existe un producto como la Política de grupo para todas las distribuciones (por ejemplo, fedora o ubuntu). Lo que hay son soluciones exclusivas (similares a Microsoft WSUS) para cada distro:como Landscape para Ubuntu, o RHN para RedHat pero estas soluciones son pagas y están enfocadas a actualizaciones, monitoreo, parcheo de servidores.
Puede aplicar restricciones o límites a Ubuntu (creo que Fedora u otra distribución que también usa Gnome) con soluciones como Sabayon para definir perfiles de escritorio. Pero AFAIK, estas soluciones no están centralizadas.