Solución 1:
Con el privilegio adecuado
iptables-save > /some/file
guardará su configuración de iptables en /some/file
y
iptables-restore < /some/file
restaurará su configuración guardada desde /some/file
.
Solución 2:
Esto debería funcionar. Escribe sus reglas en /etc/sysconfig/iptables; si (re)inicia iptables después de hacer esto, sus reglas deberían estar ahí :)
/sbin/service iptables save