Solución 1:
Acabo de encontrar esto:
rsync -a -f"+ */" -f"- *" source/ destination/
http://psung.blogspot.com/2008/05/copying-directory-trees-with-rsync.html
Solución 2:
find some/dir -type d -print0 | rsync --files-from=/dev/stdin -0 ...
Solución 3:
Otro enfoque es con find y mkdir :
find SOURCE -type d -exec mkdir TARGET/{} \;
Solo asegúrese de que TARGET ya existe o use la opción -p de mkdir.
Solución 4:
También puedes hacer:
find inputdir -type d | cpio -pdumv destdir
El poder de la sencillez;)