Solución 1:
En primer lugar, quiero agradecer a binfalse por responder a esta pregunta, sin embargo, mi problema no se resolvió con su sugerencia y los avisos continuaron apareciendo.
Esto se debe a que PHP tiene varios lugares donde se puede establecer la configuración. Si bien tenía una idea de la precedencia de esas configuraciones, decidí probarlas experimentalmente para estar seguro de lo que voy a decir en esta respuesta.
Así que aquí hay una lista de esos lugares, desde los más globales hasta los más específicos. Cada configuración inferior en la lista puede anular una configuración anterior.
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El php.ini archivo de configuración. En el caso de Ubuntu hay dos de ellos, /etc/php5/apache2/php.ini es el que se usa para el módulo php apache. Tendrá un efecto global en todos los hosts virtuales.
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El directorio conf.d . En realidad no todas las instalaciones tendrán esta configuración modularizada, pero en el caso de Ubuntu se ubica en /etc/php5/apache2/conf.d para el módulo apache. Cualquier archivo agregado en este directorio se agregará a la configuración principal de php.ini con mayor prioridad que php.ini. En otras palabras, cualquier configuración aquí anulará la configuración en php.ini. Probé agregando un error.ini. Tendrá un efecto global en todos los hosts virtuales.
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Configuración de host virtual de Apache . Generalmente configurado en /etc/apache2/sites-available, cada host virtual puede tener configuraciones diferentes. Dentro de la etiqueta VirtualHost es posible incluir "php_value error_reporting", donde value es el resultado numérico de las operaciones booleanas sobre las constantes. En esta configuración, de hecho, no se permite usar las constantes mnemotécnicas sino solo un valor numérico. Afectará solo a un único host virtual. Anulará la configuración anterior.
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.htaccess . También es posible establecer valores de configuración y, en particular, la configuración de informe de errores también en .htaccess, con la misma sintaxis descrita en 3. Afectará solo al directorio en el que se encuentra .htaccess y todos los subdirectorios. Anulará la configuración anterior, en este caso no es necesario reiniciar apache.
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Código fuente . El último lugar donde se puede modificar esta configuración es directamente en la fuente PHP ejecutada. Si se usa, anulará todas las configuraciones anteriores, y eso es exactamente lo que estaba enfrentando. Se puede configurar llamando a la función "error_reporting()" o con "ini_set("error_reporting", )". Aún podrían mostrarse errores de compilación, porque el script no se ejecutará en ese caso.
Solución 2:
Establecer la variable en /etc/php5/apache2/php.ini
a
error_reporting = E_COMPILE_ERROR|E_RECOVERABLE_ERROR|E_ERROR|E_CORE_ERROR
esto solo mostrará errores.