tu configuración dice:rotar 2
eso significa que los archivos de registro se rotan 2 veces antes de eliminarse, por lo que logrotate solo se preocupa por 2 archivos.
supongo que la configuración se cambió en algún momento, porque anteriormente se guardaban más archivos de registro, tal vez era algo así como rotar 28. estos archivos más antiguos hay que eliminarlos manualmente.