Solución 1:
Finalmente he encontrado el problema.
Supuse que el proceso 1 (systemd) se inició con --switched-root y --deserializar .Y como encontré en ese enlace, parece que hay algunos parámetros internos que intentan recargar algún estado previamente guardado.
Hice un kill -9 en el proceso 1 y ahora aparece systemd sin la raíz conmutada y systemctl está funcionando nuevamente con o sin reiniciar.
Solución 2:
Dos soluciones alternativas al problema:
1- reiniciar con
systemctl --force --force reboot
o
2- sin reiniciar, solo moviendo archivos de sesión
mv /run/systemd/system/session-*.scope /tmp/