Problema
Cuando coloca una aplicación ASP.NET en un directorio virtual, parece estar usando el archivo web.config desde la raíz.
Causa
Esto es por diseño con ASP.NET. Esto no es un error.
Resolución
Por diseño, los archivos ASP.NET web.config "heredan" unos de otros. Si tiene un web.config en la raíz y un web.config en un directorio virtual, el web.config en el directorio virtual hereda del web.config en la raíz. Como solución alternativa, deberá crear un subdominio para implementar su código. Cuando se usa un subdominio, los archivos web.config no se heredan unos de otros. Si desea crear un nuevo subdominio para su aplicación ASP.NET, puede seguir los pasos de Cómo crear un subdominio.